Theo đó, việc phối hợp cấp phép, kiểm tra, kiểm soát và xử lý vi phạm đối với tổ chức, cá nhân nước ngoài tiến hành nghiên cứu khoa học trong vùng biển Việt Nam phải thực hiện theo nguyên tắc: Bảo đảm hiệu quả, cụ thể trách nhiệm phối hợp của từng Bộ trong việc cấp, cấp lại, sửa đổi, bổ sung, gia hạn quyết định cấp phép, kiểm tra, kiểm soát và xử lý vi phạm đối với tổ chức, cá nhân nước ngoài tiến hành nghiên cứu khoa học trong vùng biển Việt Nam; phải bảo đảm bí mật quốc gia, bảo mật thông tin theo quy định của pháp luật; bảo đảm quốc phòng, an ninh, an toàn trên biển, hải đảo. Đồng thời, việc phối hợp phải trên cơ sở chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn được giao; tuân thủ các quy định của Quy chế này và các quy định của pháp luật có liên quan.

Công tác phối hợp được thực hiện theo 3 nội dung, như: lấy ý kiến hồ sơ đề nghị cấp, sửa đổi, bổ sung, gia hạn quyết định cấp phép hoạt động nghiên cứu khoa học của tổ chức, cá nhân nước ngoài tiến hành trong vùng biển Việt Nam; xem xét việc thay đổi nội dung đã được cấp phép nhưng không thuộc trường hợp sửa đổi, bổ sung, gia hạn quyết định cấp phép nghiên cứu khoa học của tổ chức, cá nhân nước ngoài tiến hành trong vùng biển Việt Nam; kiểm tra, kiểm soát và xử lý vi phạm trong quá trình nghiên cứu khoa học của tổ chức, cá nhân nước ngoài tiến hành trong vùng biển Việt Nam.

Việc phối hợp thực hiện theo phương thức gửi công văn, thư điện tử; tổ chức họp trao đổi, lấy ý kiến; trao đổi, phối hợp qua điện thoại, fax; chia sẻ, cập nhật thông tin có liên quan đến hoạt động nghiên cứu khoa học của tổ chức, cá nhân nước ngoài trong vùng biển Việt Nam; thực hiện phối hợp thông qua đơn vị đầu mối của các Bộ: Tài ngyên và Môi trường, Quốc phòng, Ngoại giao, Công an, Khoa học và Công nghệ.

Bên cạnh đó, Quyết định còn quy định cụ thể về quy tắc phối hợp lấy ý kiến về đề nghị cấp, sửa đổi, bổ sung, gia hạn quyết định cấp phép hoạt động nghiên cứu khoa học của tổ chức, cá nhân nước ngoài tiến hành trong vùng biển Việt Nam; công tác phối hợp xem xét, xử lý đối với việc thay đổi nội dung đã được cấp phép nhưng không thuộc trường hợp sửa đổi, bổ sung, gia hạn quyết định cấp phép nghiên cứu khoa học của tổ chức, cá nhân nước ngoài tiến hành trong vùng biển Việt Nam; phối hợp kiểm tra, kiểm soát và xử lý vi phạm trong quá trình nghiên cứu khoa học của tổ chức, cá nhân nước ngoài tiến hành trong vùng biển Việt Nam và công tác trao đổi, chia sẻ và cập nhật thông tin có liên quan đến hoạt động nghiên cứu khoa học của các tổ chức, cá nhân nước ngoài tiến hành trong vùng biển Việt Nam…