Thông tư này quy định cơ chế quản lý tài chính thực hiện Chương trình quốc gia hỗ trợ doanh nghiệp nâng cao năng suất và chất lượng sản phẩm, hàng hóa giai đoạn 2021 - 2030 quy định tại Quyết định số 1322/QĐ-TTg  ngày 31/8/ 2020 của Thủ tướng Chính phủ phê duyệt Chương trình quốc gia hỗ trợ doanh nghiệp nâng cao năng suất và chất lượng sản phẩm, hàng hóa giai đoạn 2021 - 2030 (sau đây gọi là Chương trình 1322).

Việc lập dự toán ngân sách nhà nước, chấp hành ngân sách nhà nước và quyết toán ngân sách nhà nước thực hiện theo quy định của pháp luật về ngân sách nhà nước, pháp luật đầu tư công và các quy định hiện hành. Thông tư 35/2021/TT-BTC quy định một số nội dung cụ thể như sau:

- Lập dự toán: Hàng năm, vào thời điểm lập dự toán thu, chi ngân sách nhà nước, các tổ chức, đơn vị được giao thực hiện nhiệm vụ của Chương trình 1322, căn cứ vào các nhiệm vụ được phê duyệt và nội dung hướng dẫn tại Thông tư này để lập dự toán kinh phí bảo đảm cho việc thực hiện nhiệm vụ của Chương trình 1322, gửi cơ quan chủ quản để tổng hợp chung vào dự toán của các Bộ, ngành, địa phương (theo phân cấp quản lý ngân sách) gửi cơ quan tài chính (đối với chi thường xuyên), cơ quan kế hoạch và đầu tư (đối với chi đầu tư phát triển) để trình cấp có thẩm quyền phê duyệt; đồng thời gửi Bộ Khoa học và Công nghệ để tổng hợp và phối hợp thực hiện.

-  Việc phân bổ, giao dự toán, tạm ứng, thanh toán và quyết toán kinh phí thực hiện theo quy định của Luật Ngân sách nhà nước, Luật Đầu tư công và các văn bản hướng dẫn. Trong đó:

Đối với dự toán kinh phí thực hiện các nhiệm vụ khoa học và công nghệ cấp quốc gia của Chương trình 1322, dự toán kinh phí giao về Bộ Khoa học và Công nghệ để ký hợp đồng với cơ quan chủ trì thực hiện theo đúng quy định của Luật Khoa học và Công nghệ và các văn bản hướng dẫn;

 Đối với dự toán kinh phí thực hiện các nhiệm vụ khoa học và công nghệ cấp bộ, địa phương và cấp cơ sở (nếu có) của Chương trình 1322, dự toán kinh phí giao về các bộ, địa phương và đơn vị được giao nhiệm vụ chủ trì thực hiện theo đúng quy định của Luật Khoa học và Công nghệ và các văn bản hướng dẫn.

Trong trường hợp nhiệm vụ không được thực hiện theo đúng kế hoạch, việc huy động, giải ngân các nguồn kinh phí khác không đúng tiến độ, hoặc không đúng với cơ cấu và tổng mức quy định tại Quyết định phê duyệt của cấp có thẩm quyền hoặc theo hợp đồng đã ký; kinh phí được giao sử dụng sai mục đích, sai chế độ.

Cơ quan nhà nước có thẩm quyền về quản lý kinh phí của Chương trình 1322 có trách nhiệm thực hiện các biện pháp xử lý như sau: Dừng giải ngân kinh phí hỗ trợ từ ngân sách nhà nước; hoặc đình chỉ nhiệm vụ; hoặc xuất toán khoản chi sai, thu hồi nộp ngân sách nhà nước (đối với nguồn kinh phí ngân sách nhà nước), yêu cầu đơn vị chủ trì thực hiện nhiệm vụ xử lý khoản chi sai (đối với nguồn kinh phí khác) và các hình thức xử lý khác theo thẩm quyền hoặc đề nghị cơ quan có thẩm quyền xử lý theo quy định của pháp luật.

Trường hợp bị đình chỉ nhiệm vụ; thu hồi các khoản chi sai chế độ đã thanh toán tại Kho bạc nhà nước: Cơ quan nhà nước có thẩm quyền về quản lý Chương trình có trách nhiệm ban hành Quyết định xử lý đình chỉ nhiệm vụ, thu hồi các khoản chi sai chế độ, đồng thời gửi Kho bạc nhà nước để làm căn cứ thu hồi nộp ngân sách nhà nước.

Thông tư 35/2021/TT-BTC có hiệu lực thi hành kể từ ngày 5/7/2021